#45
summarized by : Yuta Nakamura
Atlas of Digital Pathology: A Generalized Hierarchical Histological Tissue Type-Annotated Database for Deep Learning

どんな論文か?

病理組織診断のための大規模ラベル付き顕微鏡画像データセットを公開した。今後さまざまな疾患の診断に応用できるよう,細胞の種類を見分けることを主眼とし,病理専門医監修のもとプレパラート強拡大像にアノテーションを行なった。さらに,これを教師データとしてCNNにて細胞分類器を訓練し,アノテーションの頑健性を示したほか,未知のプレパラートに含まれる細胞の種別と位置の自動認識も行なった。
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新規性

既存のデータセットは,(1)対象とする臓器,疾患,ラベル種別が限られていてタスク依存的,(2)プレパラート全体の弱拡大像が対象であり性能が悪い,の2つの傾向があり,応用しにくかった。本研究は細胞の種類を網羅した57のラベルを階層的に定義しており(hierarchial taxonomy),かつ細胞レベルの強拡大像にアノテーションしているため,高い汎用性と精度を確保している。

結果

VGG16を訓練し,Hierarchial Binary Relevanceを併用して,第1階層〜第3階層のラベルを見分ける多クラス分類タスクにおいてAUC 0.992, 0.9813, 0.9812が得られた。より多層のCNNでは性能は落ちる傾向にあり,プレパラートの局所に注目するというタスクの性質によるのかもしれない。また,プレパラート全体の画像への各細胞のheat mapの表示にも成功した。

その他(なぜ通ったか?等)